• Thermotoga elfii Ravot et al., 1995
• Thermotoga hypogea Fardeau et al., 1997
• Thermotoga lettingae Balk et al., 2002
• Thermotoga maritima Huber, Langworthy, Konig, Thomm, Woese, Sleytr & Stetter, 1986
• Thermotoga naphthophila Takahata et al., 2001
• Thermotoga neapolitana Jannasch et al., 1989
• Thermotoga petrophila Takahata et al., 2001
• Thermotoga subterranea Jeanthon et al., 2000
• Thermotoga thermarum Windberger et al., 1992