• Adlafia aquaeductae (Krasske) Gerd Moser, H. Lange-Bertalot & D. Metzeltin, 1998
• Adlafia brockmannii (Hustedt) Bruder & Hinz
• Adlafia bryophila (J.B. Petersen) Gerd Moser, H. Lange-Bertalot & D. Metzeltin, 1998
• Adlafia bryophiloides (Manguin) Van de Vijver
• Adlafia coringii D. Metzeltin & H. Lange-Bertalot, 1998
• Adlafia drouetiana (R. Patrick) D. Metzeltin & H. Lange-Bertalot, 1998
• Adlafia frenotii Van der Vijver, Ledeganck & Beyens
• Adlafia linearis (Maillard) Van de Vijver
• Adlafia minuscula (Grunow) H. Lange-Bertalot, 1999
• Adlafia multnomahii E.A. Morales & M. Lee, 2005
• Adlafia muralis (Grunow) Monnier & Ector
• Adlafia muscora (J.P. Kociolek & B. Reviers) Gerd Moser, H. Lange-Bertalot & D. Metzeltin, 1998
• Adlafia parabryophila (H. Lange-Bertalot) Gerd Moser, Lange-Bertalot & D. Metzeltin, 1998
• Adlafia suchlandtii (Hustedt) Gerd Moser, H. Lange-Bertalot & D. Metzeltin, 1998
• Alveovallum beyensii H. Lange-Bertalot & Krammer, 2000
• Amicula specululum (Witkowski) Witkowski, 2000
• Amphiraphia xizangensis J.Y. Chen & H.Z. Zhu
• Astartiella bahusensoides (Foged) Witkowski, H. Lange-Bertalot & Metzeltin, 1998
• Astartiella bahusiensis (Grunow) Witkowski, H. Lange-Bertalot & Metzeltin, 1998
• Astartiella bremeyeri (H. Lange-Bertalot) Witkowski & H. Lange-Bertalot, 1998
• Astartiella glacialis Witkowski. H. Lange-Bertalot & Metzeltin, 2000
• Astartiella ignota (Hustedt) Witkowski & H. Lange-Bertalot, 1998
• Astartiella iks Witkowski, H. Lange-Bertalot & Metzeltin, 2000
• Astartiella modica (Hustedt) Witkowski & H. Lange-Bertalot, 1998
• Astartiella producta Witkowski, H. Lange-Bertalot & Metzeltin, 2000
• Astartiella punctifera (Hustedt) Witkowski & H. Lange-Bertalot, 1998
• Astartiella tenuis (Hustedt) Witkowski & H. Lange-Bertalot, 1998
• Astartiella wellsiae (Reimer) Witkowski & H. Lange-Bertalot, 1998
• Austariella admissa (Hustedt) Witkowski, H. Lange-Bertalot & Metzeltin, 2000
• Austariella jamalinensis (Cleve) Witkowski, H. Lange-Bertalot & Metzeltin, 2000
• Berkella alpina J.R. Carter, 1993
• Berkella linearis R. Ross & P.A. Sims, 1978
• Berkella spicula (Amosse) J.R. Carter, 1981
• Caloneis abnormis (Grunow) Cleve
• Caloneis absoluta Manguin
• Caloneis achnanthiformis Cleve-Euler
• Caloneis adenensis Cleve
• Caloneis advena Van Landingham
• Caloneis aemula
• Caloneis aequatorialis Hustedt
• Caloneis aerophila Bock, 1962
• Caloneis africana (M.H. Giffen) S.R. Stidolph
• Caloneis allorgei Manguin
• Caloneis alpestris (Grunow) Cleve, 1894
• Caloneis amica (Cleve & Grunow) Cleve
• Caloneis amphicephala Hustedt
• Caloneis amphigomphus Jurilj
• Caloneis amphisbaena (Bory de Saint Vincent) Cleve, 1894
• Caloneis andersonii (Cleve) Cleve
• Caloneis angustivalva J.B. Petersen, 1928
• Caloneis arctica (Krasske) H. Lange-Bertalot
• Caloneis austrogeorgica Carlson, 1913
• Caloneis bacillaris (W. Gregory) Cleve
• Caloneis bacillum (Grunow) Cleve, 1894
• Caloneis bacillum (Grunow) Mereschkowsky
• Caloneis backmanii A. Cleve in Backman & A Cleve, 1922
• Caloneis baikalensis Skvortzov & Meyer
• Caloneis baltica
• Caloneis balticum (Cleve-Euler) Schulz
• Caloneis bannajensis Petersen
• Caloneis barrowiana Patrick & Freese
• Caloneis beccariana (Grunow) Cleve
• Caloneis biclavata Cleve & Grove
• Caloneis biconfusa (Bourrelly & Manguin) Van Landingham
• Caloneis biconstricta (Grove & Sturt) Cleve
• Caloneis bicuneata (Grun.) Cleve, 1894
• Caloneis bicuneata (Grunow) Boyer, 1927
• Caloneis binotata Cleve-Euler
• Caloneis biseriata (Petit) Cleve
• Caloneis bivittata (Pantocsek) Cleve, 1894 accepted as Caloneis permagna (J.W. Bailey) Cleve, 1894
• Caloneis blanda (A. Schmidt) Cleve, 1894 accepted as Navicula ergadensis (Gregory) Ralfs, 1861
• Caloneis bleischiana (Janisch & Rabenhorst) Boyer
• Caloneis borealis J.R. Carter, 1971
• Caloneis bottnica Cleve
• Caloneis bourrellyi Fusey
• Caloneis branderii (Hustedt) Krammer, 1985
• Caloneis brasiliensis Heiden
• Caloneis brevis (Gregory) Cleve, 1894
• Caloneis bryophila Manguin ex Kociolek & Reviers
• Caloneis budensis (Grunow) Krammer, 1985
• Caloneis butantana Krasske
• Caloneis callosa Åke Berg
• Caloneis campbellii (Petit) Cleve, 1894
• Caloneis castracanei (Grunow) Cleve
• Caloneis chasei Cholnoky
• Caloneis clevei (N. Lagerstedt) Cleve
• Caloneis constans E. Reichardt
• Caloneis continua J.R. Carter, 1964
• Caloneis crassa (Gregory) R.R. Ross, 1986
• Caloneis delphineae Van de Vijver
• Caloneis densestriata (Pr.-Lavr.) Gusl.
• Caloneis desertorum Hustedt
• Caloneis digitus E.G. Jorgensen
• Caloneis dorogostaiskyi (Østrup) M.B. Edlund, N. Soninkhishig, R.M. Williams & E.F. Stoermer
• Caloneis dubia Krammer, 1987
• Caloneis dumbeana R. Maillard
• Caloneis egena (A. Schmidt) Cleve
• Caloneis elongata (Grunow) Boyer
• Caloneis excentrica (Grunow) C.S. Boyer, 1927
• Caloneis eximia Grunow accepted as Navicula eximia (Grunow) Grunow, 1897