Acanthoceras zachariasii (Brun) Simonsen (habitat flag source)
Achnanthes aueri Krasske, 1949 accepted as Achnantheiopsis aueri (Krasske) H. Lange-Bertalot, 1997 accepted as  (extant flag source)
Achnanthes aueri Krasske, 1949 accepted as Achnantheiopsis aueri (Krasske) H. Lange-Bertalot, 1997 accepted as  (habitat flag source)
Achnanthes calcar Cleve, 1891 (habitat flag source)
Achnanthes crassa Hustedt, 1937 (habitat flag source)
Achnanthes crenulata Grunow (habitat flag source)
Achnanthes didyma Hustedt, 1933 (habitat flag source)
Achnanthes exilis Kützing, 1833 (habitat flag source)
Achnanthes kuwaitensis Hendey (habitat flag source)
Achnanthes lacus-vulcani H. Lange-Bertalot & Krammer (habitat flag source)
Achnanthes manguinii Hustedt (habitat flag source)
Achnanthes multiarticulata Kützing (habitat flag source)
Achnanthes percava Carter (habitat flag source)
Achnanthes pericava Carter, 1966 (habitat flag source)
Achnanthes pseudoswazi J.R. Carter, 1963 (habitat flag source)
Achnanthes rossii Hustedt, 1954 (habitat flag source)
Achnanthes seriata C. Agardh (habitat flag source)
Achnanthes stolida (Krasske) Krasske, 1949 (habitat flag source)
Achnanthes subatomoides (Hustedt) H. Lange-Bertalot & Archibald, 1985 (habitat flag source)
Achnanthes subexigua Hustedt (habitat flag source)
Achnanthes wellsiae Reimer, 1966 accepted as Astartiella wellsiae (Reimer) Witkowski & H. Lange-Bertalot, 1998 (habitat flag source)
Achnanthes woodlawnensis Playfair (habitat flag source)
Actinotaenium australe (Raciborski) Croasdale (habitat flag source)
Actinotaenium cucurbitum (Brébisson) Teiling (habitat flag source)
Actinotaenium cucurbitum (Brébisson) Teiling (current name source)
Actinotaenium cucurbitum (Brébisson) Teiling (extant flag source)
Actinotaenium elongatum (Raciborski) Teiling, 1954 (habitat flag source)
Actinotaenium globosum (Bulnheim) K. Förster ex Compère, 1976 (habitat flag source)
Actinotaenium phymatosporum (Nordstedt) Kouwets & Coesel, 1984 (habitat flag source)
Actinotaenium pyramidatum (W. West & G.S. West) Teiling, 1954 (habitat flag source)
Agmenellum quadruplicatum (Meneghini) Brébisson, 1839 (habitat flag source)
Agmenellum thermale (Kützing) Drouet & Daily, 1956 accepted as Merismopedia thermalis Kützing, 1843 (habitat flag source)
Amphicampa mirabilis Ehrenberg ex Ralfs, 1861 † (habitat flag source)
Amphiprora brebissoniana Greville (habitat flag source)
Amphiprora clepsydra Greville (habitat flag source)
Amphiprora crenulata Tempère (habitat flag source)
Amphiprora eximia Greville (habitat flag source)
Amphiprora jolisiana Greville (habitat flag source)
Amphiprora kuetzingiana Greville (habitat flag source)
Amphiprora meneghiniana Greville (habitat flag source)
Amphiprora nitida Greville (habitat flag source)
Amphiprora oblonga Greville (habitat flag source)
Amphiprora paradoxa Greville (habitat flag source)
Amphiprora rabenhurstiana Greville (habitat flag source)
Amphiprora thwaitesiana Greville (habitat flag source)
Amphora argus Pantocsek (habitat flag source)
Amphora ayensuensis Foged (habitat flag source)
Amphora flexuosa Greville (habitat flag source)
Amphora fontinalis Hustedt, 1937 (habitat flag source)
Amphora granulata W. Gregory, 1857 (habitat flag source)
Amphora hendeyi L. Crosby & E.J.F. Wood, 1959 (habitat flag source)
Amphora magnifica Greville (habitat flag source)
Amphora pulchra Greville (habitat flag source)
Amphora sinuata Greville (habitat flag source)
Amphora towutensis Hustedt, 1942 (habitat flag source)
Amphora undulata Greville (habitat flag source)
Amscottia gulungulana H.U. Ling & P.A. Tyler (habitat flag source)
Anabaena bergii Ostenfeld, 1908 (habitat flag source)
Anabaena fuellebornii Schmidle, 1902 (extant flag source)
Anabaena fuellebornii Schmidle, 1902 (current name source)
Anabaena fuellebornii Schmidle, 1902 (habitat flag source)
Anabaena lapponica Borge, 1913 (habitat flag source)
Anabaena laxa (Rabenhorst) A. Braun (habitat flag source)
Anabaena licheniformis Bory de Saint-Vincent, 1822 (habitat flag source)
Anabaena minutissima Lemmermann, 1898 (habitat flag source)
Anabaena ovalisporum Forti (habitat flag source)
Anabaena perturbata Hill, 1976 (habitat flag source)
Anabaena smithii (Komárek) M. Watanabe (habitat flag source)
Anabaena sphaerica Bornet & Flahault, 1888 (habitat flag source)
Anabaena subcylindrica Borge, 1921 (habitat flag source)
Anabaena utermohli (Utermöhl) Geitler, 1925 (habitat flag source)
Anabaena volzii Lemmermann, 1900 (habitat flag source)
Anabaenopsis arnoldii Aptekarj, 1926 (habitat flag source)
Anabaenopsis raciborskii Woloszynska, 1912 (habitat flag source)
Anabaenopsis tanganyikae (G.S. West) Woloszynska & Miller, 1923 (habitat flag source)
Ankistrodesmus gelifactum (Chodat) Bourrelly, 1951 (habitat flag source)
Ankistrodesmus quaternus W. West & G.S. West (habitat flag source)
Anomoeoneis brachysira (Brébisson ex Rabenhorst) Cleve, 1895 accepted as Anomoeoneis serians (Brébisson) Cleve, 1895 (habitat flag source)
Anomoeoneis exilis (Kützing) Cleve, 1895 (habitat flag source)
Aphanocapsa incerta (Lemmermann) Cronberg & Komárek, 1994 (habitat flag source)
Aphanothece nidulans Richter, 1884 (habitat flag source)
Apodochloris polymorpha (H.W. Bischoff & H.C. Bold) Komárek, 1979 (habitat flag source)
Arthrodesmus constrictus G.M. Smith, 1922 (habitat flag source)
Arthrodesmus incus Hassal ex Ralfs, 1848 accepted as  (habitat flag source)
Arthrodesmus octocornis Ehrenberg ex Ralfs, 1848 accepted as Xanthidium octocorne Ehrenberg ex Ralfs, 1848 (habitat flag source)
Arthrodesmus phimus W.B. Turner, 1892 accepted as Staurodesmus phimus (W.B. Turner) Thomasson, 1959 (habitat flag source)
Arthrodesmus spechtii A.M. Scott & Prescott (habitat flag source)
Arthrodesmus subulatus Kützing, 1849 accepted as Staurodesmus subulatus (Kützing) Thomasson, 1963 (habitat flag source)
Arthrodesmus triangularis Lagerheim, 1886 accepted as Staurodesmus triangularis (Lagerheim) Teiling, 1948 (habitat flag source)
Arthrospira gomontiana Setchell, 1895 accepted as Spirulina gomontiana (Setchell) Geitler, 1925 (habitat flag source)
Arthrospira maxima Setchell & N.L. Gardner, 1917 accepted as Spirulina maxima (Setchell & N.L. Gardner) Geitler, 1932 (habitat flag source)
Astasia tricophora Ehrenberg (habitat flag source)
Audouinella eugenea (Skuja) C.C. Jao, 1940 (habitat flag source)
Audouinella scopulata S. Skinner & T.J. Entwisle, 2001 (habitat flag source)
Audouinella scopulata S. Skinner & T.J. Entwisle, 2001 (current name source)
Audouinella scopulata S. Skinner & T.J. Entwisle, 2001 (extant flag source)
Bambusina brebissonii Kützing ex Kützing, 1849 accepted as Bambusina borreri (Ralfs) Cleve, 1864 (habitat flag source)
Bambusina sphaerospora A.M. Scott & Grönblad (habitat flag source)
Basicladia ramulosa Ducker, 1958 (habitat flag source)
Batrachospermum ambiguum Montagne, 1850 (habitat flag source)